氧氣：對氣相系統危害很大的一種污染物。載氣中的雜質氧氣在高溫下會破壞色譜柱固定相，大大影響色譜柱壽命，與此同時流失的固定相會引起雜峰，污染檢測器，進而導致額外的清洗和系統停機時間。氧氣的持續存在還有可能影響進樣口襯管的惰性，導致活性位點的產生，從而發生吸附，拖尾和分析物響應降低。對于 MS、TCD 檢測器來說，氧氣的存在還會使燈絲壽命縮短。

水分：水分的長期存在會降低氣路系統的電子元件壽命，也會影響 ECD、MSD 和 NPD 等檢測器的靈敏度。水分在一定條件下也會引起色譜柱流失，影響色譜柱壽命，導致拖尾和基線噪音的產生。